一、直接减免的增值税会计处理
（一）纳税人全部销售货物免征增值税的会计处理
1．销售收入
借：应收账款（或银行存款）
贷：主营业务收入
2．如果购进货物或劳务时已经明确要用于免税项目的生产或者销售，其购进货物和费用的进项税额应计入成本和费用，不用做进项税额转出。
3．如果其进项税额已做应交增值税（进项税额），则做进项转出。
借：主营业务成本（或相应成本和费用科目）
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）
（二）纳税人销售的货物部分免征增值税的会计处理
1．销售免税部份会计分录同上（一）1处理。
　　2．按照增值税条例规定，为生产免税货物而耗用的原材料的进项税额不得抵扣，也就是要将这部分进项税转出计入成本或费用。但是在购进货物部分用于应税项目、部分用于免税项目的情况下，对于免税项目应转出的进项税额，按增值税条例规定，采用比例法，即用免税项目的销售额占总销售额的比例来计算分摊应转出的进项税额。会计分录同（一）3处理。
二、即征即退、先征后退、先征后返的增值税会计处理
借：银行存款
贷：补贴收入——减免增值税
年终，将“补贴收入”账户的余额结转至“本年利润”账户中去。
借：补贴收入
贷：本年利润

根据《财政部国家税务总局关于减免及返还的流转税并入企业利润征收所得税的通知》（财税[1994]74号）之规定，对企业减免或返还的流转税（含即征即退、先征后退），除国务院、财政部、国家税务总局规定有指定用途的项目以外，都应并入企业利润，照章征收企业所得税。
对直接减免和即征即退的，应并入企业当年利润征收企业所得税。因此，企业直接免征的增值税应该并入企业当年利润缴纳企业所得税。根据《关于减免和返还流转税的会计处理规定的通知》（财会字[1995]6号）之规定。
对于直接减免的增值税，借记“应交税金──应交增值税（减免税款）”科目，贷记“补贴收入”科目，并在“应交增值税明细表”“已交税金”项目下，增设“减免税款”项目（8行），反映企业按规定减免的增值税款，应根据“应交税金──应交增值税”科目的记录填列。