我国实行土地利用用途管制政策，按最新的土地分类标准，共12大类。你公司的土地批准用途为工业用地，至于你们实际把土地用作什么用途，税务局没有义务和权利去干涉。税务局只根据批准用途来收取土地使用税。
其次，根据最新的土地分类标准，你公司的土地实际用途也不是农用地，应属于023其它园地或者033其它林地。但是如前所说，对于已办理国有土地使用证的，地税局是按照批准用途来收税的，并不管实际用途，所以你公司不在减免之列。
第三，楼上说的部分是对的。国有土地使用权不存在闲置土地复耕这一说法。但是日后如果你公司要把这块地重新用作工业用途，不需要再缴纳相关土地税费

日月名尘|七级
税务部门收税的依据是国土部门提供的资料。
我们国家土地利用实行用途管制政策，土地利用分农用地、建设用地和未利用土地。目前土地使用税的征收范围是建设用地。
你的土地已办理了工业用地使用证，也就是说，你的土地不属于农用地，在国土部门出示的资料中，属于建设用地，税务部门当然要征收土地使用税了。
至于你们公司将工业用地种植园林苗圃，从土地管理的角度说，这是闲置土地复耕，不必缴纳闲置费，不能改变土地使用权性质，将来你们再用作工业用地，不会再缴纳相关的土地税费。