这个不可能，因为退税系统是税务局开发以及让企业使用的所以不可能让其他软件来兼容以及修改。这样做对退税系统安全性是极大的打击。而且不同公司开发出来的软件，除非是两家公司合作，不然肯定无法兼容。

你在电子口岸下载报关单信息后，按步骤录入出口进货明细并生成预申报数据，进行预申报；去国税预申报成功后在转为正式申报，查询打印上两个明细表，录入汇总及打印汇总表，生成正式申报数据并存盘，准备资料去国税局正式申报。也没什么工作量哟。业务量多的公司也就录入笔数多一些，实际现在导入报关单信息的软件操作比以前操作省事多了。
你们公司自己的软件是不可以导入出口退税软件的，这样解决不了工作量的问题，反而还可能会带来麻烦。如果哪里导入错误还会影响退税。最好别动这个脑筋。现在出口退税软件操作熟练了也不是什么很难的事情。目前电子口岸报关单信息导入才是刚开始的事，前几年都不可以呢。软件在不断的更新换代，也许有一天你的软件就可以做到导入到出口退税软件中了。但是现在可能还不行。