分公司可以参照正常销售的账务流程来处理和纳税申报。
拿百货公司做例子，总公司及其门店都是一般纳税人，门店为独立核算的分公司。从总公司调货到某一家门店，总公司要开具增值税票给该门店，该门店可以拿去抵扣，从总体来说，该公司并没有多交税，因为总公司的销项税和门店的进项税是一样的。