看来你单位是营业税纳税人而不是增值税纳税人并且是按5%的税率缴纳的。按你的例子核算一下：
营业税：100000*5%=5000
城建税：5000*7%=350 （各地税率不一）
教育费附加：5000*3%=150
地方教育费附加：5000*1%=50（有的地区无）
其他地方性基金：100000*0.05%=50
你所谓的赚100万，是指收入-成本-税金-费用后的剩余，即纯利，还需缴纳25%的企业所得税。

不知道你是什么性质的企业，如果是服务业，除营业税、企业所得税外，还有城建税、教育费附加、河道费，这三项是税中税，所得税是除所有税种交完后，公司利润所得的税。不包括交给国家的营业税等。

增值税17%（可抵扣的），防洪费，教育费附加，地方教育费附等