您单位销售二手车办理的顺序有问题，应该先到二手车交易市场办理过户手续，纳税人在二手机动车交易市场缴纳税款后，应将二手机动车销售额记入当月销售收入，并在次月纳税申报前向主管税务机关办税服务厅申报纳税窗口提供以下资料申请抵扣当期税款：
　　(一)二手车交易缴纳税款的完税凭证（原件及复印件各一份），复印件由纳税人写明"此件与原件相符"、经办人姓名、身份证号码和办理日期。
　　(二)经办人身份证原件及复印件(一份)。
　　在主管税务机关做完抵扣当期税款的手续后，再进行纳税申报表的填报。
　　按上述顺序办理二手车交易手续及申报就不会出现重复交税的情况了。您所述的情况，可以向主管税务机关办理退还多缴税款的手续，需要填报《退抵税申请审批表》（一式三份）、二手车交易缴纳税款的完税凭证复印件，现金退税还需要提供身份证复印件并附报主管税务机关要求报送的相关资料，向主管税务机关提出申请。