一、发票
最近三年税务稽查局对房地产企业土地增值税清算的稽查状况：关键字支出“真实、合法、合理”。土地增值税主要是检查计入开发成本的工程量凭据（包括合同、协议、结算、签证、变更、设计图纸等等）、发票（包括合法收据及合规发票）和支付凭证，前两者在种类、金额、抬头方面必须一致，否则在土地增值税清算时不予扣除。
如果总包合同的建安成本变为1亿元，需要按照这个实际支出进行结算，但是对方若不开具相应数额的发票，税务局也是不认的，建安公司是否给开具这个数额的发票？
每个地方政策不一样，看审计和税务，人家不管你的话自然就没事。
二、合同
你们少交的报建费用是不是高于5000万开发成本的这个扣除项目所带来的土地增值税的减少？需要你们衡量一下，看是否签订补充合同将多出来的建安成本可计入开发成本作为扣除项目。（实际成本与合同成本差异比较大，后期可能会涉及到签订补充合同。）
总之，有实际结算书也可以，发票最重要，税务局开发票也需要结算书或者合同才能开的，这样才可以进行扣除。