事业单位执行的是“收支两条线”，会计基础是收付实现制，所以不存在支出大于收入时如何做账的问题，因为收入和支出是分开做的，年终才会考虑事业结余是借方还是贷方的问题。
事业单位收入时， 借：银行存款
贷：事业收入（根据明细设上级补助收入、财政拨款收入、其他收入、
附属单位上缴收入等）
事业单位支出时， 借：事业支出-工资福利支出（或对个人和家庭补助、商品服务支出、
附属单位补助支出等等）
贷：银行存款
这两个分录互不影响，收入是收入，支出是支出，都按实际发生数做账就好了。

你是问的期末（月末）收支结转吧？
财政资金：
借：财政补助收入
贷：财政补助结转
借：财政补助结转
贷：事业支出——财政补助支出

非财政专项资金：
借：事业收入
上级补助收入
附属单位上缴收入
其他收入
……
贷：非财政补助结转
借：非财政补助结转
贷：事业支出——非财政专项资金支出
其他支出——非财政专项资金支出

其他资金：
借：事业收入
上级补助收入
附属单位上缴收入
其他收入
……
贷：事业结余
借：事业结余
贷：事业支出——其他资金
其他支出——其他资金
经营收支：
借：经营收入
贷：经营结余
借：经营结余
贷：经营支出