1、分类所得税制存在弊端。分类课征造成巨大的避税空 间。对不同的所得项目采取不同税率和扣除办法，可以使一些收入来源多的高收入者利用分解收入、多次扣除费用等办法避税，造成所得来源多、综合收入高的纳税人反而不用交税或 交较少的税，而所得来源少且收入相对集中的人却要多交税的现象。
2、费用扣除方面存在的问题。我国个人所得税费用扣除额偏低，又长期没有随收入和物价提高而调整，使更多的低收入的个人都在所得税征管范围之内。费用扣除的确定忽略了经济形势的变化对个人纳税能力的影响。在通货膨胀时期，个人维持基本生计所需收入也会相应增加，而现行税制中尚未实行费用扣除的指数化，费用 扣除标准长期不变根本无法适应经济状况的不断变化。
3、税率设计有待优化。我国现行个人所得税法，区分不同的项目，分别采用5%～45%、5%～35%的超额累进税率和20 %的比例税率。本来同属勤劳所得的工资、薪金和劳动报酬，税收待遇却不一样，一方面违背了公平原则，另一方面也给税务管理带来了不便。
4、税基不够广泛。我国目前个人所得税法对应纳税所得额采取列举具体项目的规定，难以将所有的应税项目都包含进去。

目前，我国个人所得税所存在的不公平问题主要表现在三个方面：
一是由我国居民统一的免征额所导致的不同地区纳税人之间的不公平。我国地域辽阔，经济发展水平呈现明显的自东向西阶梯状分布，不同地区居民的收入水平与生活开支水平不尽相同。如果在全国使用相同的免征额，那就意味着高收入水平地区纳税人消费的实际开支不能被免征额所抵补，这相当于这些地区居民的生活费用开支也要缴纳个人所得税；而低收入水平地区纳税人的消费开支在被免征额抵补后还有一个正的余额，这相当于政府给这些地区的居民发放生活补贴。这样，就会导致不同地区居民因统一的免征额而产生收入与财产上的不公平。
二是由分类征收制所产生的不同收入水平的纳税人之间的不公平。
三是由税收征管不到位所产生的高收入者与普通居民之间的不公平。
尽管工资、薪金费用扣除标准的区别做法存在现实的难度，但通过个人所得税征收模式的转变可以在一定程度上减轻由于不同种类所得所产生的收入分配不公平问题。而建立个人收入档案，成立税务警察、税务法庭，对高收入者的收入情况进行重点稽查，则可以逐步地加强对收入畸高人群的税收监控，堵塞税收流失漏洞，促进我国个人所得税的税收公平。